인권위가 시간을 끌다 흐지부지한 대표적 사례로 박정훈 전 해병대 수사단장(대령) 사건도 있었다. 김 위원은 박 대령 보직해임 후인 지난 8월9일 군인권보호관 자격으로 긴급 기자회견을 열고 “박 수사단장에 대한 징계·수사를 즉각 보류해야 한다”고 표명했다. 이후 군인권센터는 해당 사건을 조사해달라며 군인권보호관에게 긴급구제를 신청했다.
그러나 김 위원은 이 건을 논의하기로 한 회의에 돌연 참석하지 않았다. ‘병원 진료’가 이유였다. 다른 위원들이 불참 의사를 밝혔다는 이유로 군인권보호위원회 회의도 열리지 않았다. 이렇게 인권위 논의가 지연되는 사이 박 대령은 징계를 받았다. 이후 군인권보호위는 ‘이미 징계처분이 이뤄졌다’는 이유로 긴급구제 신청을 기각했다. 이후 김 위원이 이종섭 당시 국방부 장관과 통화한 사실이 밝혀져 논란이 일었다.
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